De productie van een vaccin vindt plaats in zogenaamde clean rooms. Dit zijn extreem schone ruimten, waarbij de omstandigheden (lucht, temperatuur, vochtigheid) zo geconditioneerd zijn, dat de kansen op vervuiling van het vaccin zo klein mogelijk zijn. In de clean rooms worden de mediums gemaakt. Mediums zijn vloeistoffen die als basis dienen voor het kweken van het micro organisme. De hiervoor gebruikte technieken verschillen sterk, want een bacterie is tevreden met een lekker maal (de voedingsbodem) en de juiste temperatuur terwijl virussen zich alleen vermenigvuldigen in levende cellen. Voordat de gekweekte micro-organismen als vaccin in een flesje terechtkomen, ondergaan ze tientallen bewerkingen.
Voor een optimale vaccinproductie moeten de cellen zich vrij in de oplossing (kweekmedium) kunnen bewegen. De “fabriekscellen” zijn zo ingesteld dat ze oneindig blijven delen, een hoge groeisnelheid hebben en weinig eisen stellen aan het voedingsmedium.
Bloedserum is een ideaal groeimiddel voor cellen maar kan andere virussen of zelfs prionen bij zich dragen. Daarom wordt een speciaal medium gemaakt met voedingsstoffen en groeifactoren maar zonder dierlijke ingrediënten.
In de celkweekruimte heerst een overdruk om te voorkomen dat bacteriën en virussen de celkweek vervuilen. In de viruskweekruimte heerst een onderdruk om te voorkomen dat het virus “ontsnapt”.
Als er voldoende cellen gemaakt zijn, worden ze vanuit de celkweek overgepompt naar de viruskweek. De cellen worden daar geïnfecteerd met het in de viruskweek aanwezige virus.
Na een paar dagen zit er voldoende virus in de oplossing en wordt het overgepompt naar de viruszuivering. De vloeistof wordt hierna nog een aantal malen gefilterd. Daarna wordt het virus in grote vaten gedood met bijvoorbeeld formaline en is het klaar voor gebruik in vaccins.
Wanneer een virus kan groeien in een kippenembryo, is dat een tamelijk gemakkelijke en relatief goedkope dierlijke gastheer. Er zijn diverse membranen in het ei waarop het virus kan groeien. Nadat het virus op de (voor deze soort) juiste plaats is geïnjecteerd, wordt na enige dagen de virusgroei zichtbaar door soort-specifieke symptomen. Deze methode was eens de meest gebruikte methode en wordt nog steeds voor sommige vaccins (zoals influenza) op grote schaal toegepast.
Voor het jaarlijkse griepprikvaccin worden bevruchte kippeneieren 9 dagen bebroed voordat ze een injectie krijgen met het griepvirus. Wordt er te vroeg geïnjecteerd dan sterft het embryo voordat er voldoende virusdeeltjes zijn geproduceerd. Gebeurt dit te laat, dan is het immuunsysteem in stelling en vermeerdert het virus niet. Elk ei is zo gedraaid dat de luchtzak bovenin zit. De injectienaald prikt tussen de embryonale vellen de allantoïs holte (uitstulping van de einddarm) aan. Het virus groeit hier op de epitheellaag. Na een paar dagen wordt het vocht uit de allantoïs weggezogen. Eén ei levert meestal voldoende virus voor één dosis vaccin.